Встановивши в Харкові українську владу, Болбочан на чолі новосформованої Кримської групи 11 квітня вирушає у свій другий історичний визвольний похід – на Севастополь. На шляху до Криму бере участь у звільненні Павлограду, Олександрівська (нині Запоріжжя), Мелітополя, Бердянська. Форсувавши 20 квітня Чонгарський міст, Кримська група 22 квітня входить у Джанкой, 24 квітня звільняє Сімферополь, а наступного дня – Бахчисарай...

Гетьманський переворот 29 квітня запорожці Болбочана прийняли спокійно: знаючи ціну Центральній Раді і переконавшись, що гетьман стоїть на становищі Самостійної України, вирішили продовжувати службу в Українському війську.
В добу гетьмана Павла Скоропадського 2-й Запорозький піший полк Петра Болбочана надійно охороняв східний державний кордон від Стародуба до Слобідки-Камінської, час од часу відбиваючи провокаційні напади більшовицьких загонів.
Запорожці не лише охороняли державний кордон, але й виховували місцеве населення в українському дусі. Козак 2-ї сотні Богданівського полку (Валентин) Сімянців згадував: “З наказу командира в сотні втримувалася дисципліна, муштра, а увечері перевірка, молитва і “Ще не вмерла Україна”'... Сотник Ярмолюк вимагав і від населення, хто був поблизу, аби скидали шапки, коли співали гімн... Науку, як треба було поводитись цивільному населенню під час співу гімну, прищеплювали спрощено – просто били по шапці і так, що часто з шапкою летів на землю і “громадянин”'. І на кінець дійшло до того, що як тільки сотня щось співала, що б не було, уже все ставало і здіймало шапки” 5.
Українська держава, кордони якої були надійно забезпечені, налагоджувала внутрішнє життя, розбудовувала власні інституції. Це страшно непокоїло наших одвічних ворогів, які розуміли небезпеку такого прикладу для інших народів колишньої Російської імперії. 22 жовтня 1918 р. у промові на засіданні ЦК російської партії більшовиків Володимир Ленін відверто сказав: “Якщо вдержиться при владі Гетьман, то Росія повернеться в кордони Московського князівства 15 століття” 6.
Російський монархістам Українська Держава теж стояла поперек горла. Таку ж позицію зайняла і Антанта, яка політично, матеріально і військово підтримувала тих, хто намагався реалізувати ідею відновлення Російської імперії.
Готувала проти гетьманату збройне повстання й українська соціалістична демократія, яка жадібно рвалася до влади. Щоб здійснити свої плани, вона шукала собі союзників в особі російських більшовиків – і знайшла! Володимир Винниченко домовився з Раковським та Мануїльським координувати спільні “виступи під час повстання” проти гетьманської української держави 7.
Петро Болбочан бачив реальну загрозу існуванню Української Держави і намагався виробити свій план її врятування. Він сподівався “об’єднати революційну демократію з консервативними хліборобськими колами в особі Гетьмана для спільної боротьби проти московських інтриг в Україні” 8.
На аудієнції у Павла Скоропадського, і пізніше – вже з Харкова телеграмою – він зробив спробу “примирити Гетьмана зі збунтованою демократією – для боротьби проти московсько-неділімської небезпеки” і просив Гетьмана “стати самому на чолі повстання і тим надати повстанню всенаціональний український характер” 9.
Але на таку пропозицію ніхто не пристав. Тоді Болбочан висунув свої умови Українському національному союзу, серед них була вимога не руйнувати державний апарат, який створив гетьман. Після цього Болбочан “пристав до повстання з тяжким серцем”.
У Болбочана, згадував його товариш Сергій Шемет, було “передчуття величезної небезпеки, яка загрожувала українській державності”, він був свідомий того, що “повстання проти гетьманської влади може ще більше розхитати і ослабити відпорну силу українського народу” 10.

Отримавши призначення на посади командира Запорізького корпусу та командувача всіх військ Лівобережної України, Петро Болбочан на заклик Українського національного союзу в ніч на 15 листопада 1918 р. зі своїми запорожцями прибув до Харкова встановлювати владу Директорії. Але протигетьманське повстання відкрило кордони, і червоні російські війська посунули на Україну. Підпільні структури більшовиків – де тільки вдавалося – провокували виступи збитих із пантелику класовою агітацією селян. Почалися заворушення і серед робітників Харкова. Підняли голови й білі “єдінонєдєлімщікі”.
Петро Болбочан видав наказ, в якому оголосив, що не допустить ні Совітів робітничих депутатів, ні монархічних організацій, які намагатимуться захопити владу. “Підкреслюю, – говорилося в наказі, – що ми боремося за самостійну демократичну Українську Державу, а не за єдину Росію, яка б вона не була – монархічна чи більшовицька” 11.
11 грудня Совєт, де більшовики мали більшість, нахабно проголосив себе єдиною владою у Харкові. Болбочан відповів жорстко, зокрема, 20 грудня розігнав антиукраїнський мітинг у харківському театрі та більшовицьку сходку в клубі залізничників, арештував колегію залізничників Харківського залізничного вузла, які проголосили страйк. Коли ж “Совєт рабочіх дєпутатов” намагався скликати так званий інтернаціональний мітинг, запорожці розігнали його силою зброї. Не допустив Болбочан і робітничого з’їзду, який скликали меншовики, теж вороже налаштовані до української держави.
Болбочан наказав віддавати до військово-польового суду всіх, хто виступав або вів агітацію проти Української держави, незважаючи на те, членом якої партії був агітатор.
Винниченка і його мостивих однодумців страшно обурювало те, що під суд час від часу попадали й демократи-соціалісти. А гасло Болбочана: “Бий большевиків, комуністів, ворогів нашої нації” вони вважали “недемократичним, антинародним”.

Голова Директорії Володимир Винниченко, який боявся виглядати в очах більшовиків “недемократичним”, був вкрай обурений діями Болбочана, назвав його “виразним і свідомим реакціонером”, який “убив на всьому Лівобережжю авторитет і вплив Директорії”. Винниченко навісив на нього наліпку “найлютішого противника і ворога” Директорії... 12.
Згодом Петро Болбочан писав голові Директорії: “Ви особливо багато працюєте і думаєте над тим, аби не розсердити і догодити Вашим Московським товаришам – більшовикам, аби не показатися в їх очах противодемократичними. Ви не бачите того, що цим плодите на Україні таких же товаришів-більшовиків, і не бачите того, що через більшовизм ведете Україну до “єдиної Росії”...
Ненависть Володимира Винниченка до Миколи Міхновського, Павла Скоропадського, Петра Болбочана і трохи пізніше до Симона Петлюри мала катастрофічні наслідки для української державності. Петро Болбочан точно підмітив причину цього: “Ви всі боялися, що буде чоловік, котрий не зможе стерпіти авантюристів і кар’єристів”...
Вже не важливо, що було в основі цього негативного почуття до визначних українських діячів – страх за своє життя чи бажання обійти конкурента, важливо те, що однією з головних причин поразки України було те, що керівниками держави були абсолютно не відповідні люди, які кожним своїм кроком руйнували українське військо, а з ним і державу.
Тим часом Красна армія заливала Харківщину: був захоплений Куп’янськ, окупанти підходили до Харкова. Але Винниченко ніяк не міг повірити, що більшовики – союзники УНС у протигетьманському повстанні, з якими він не один раз пив каву і вів дружні розмови – пішли війною на Україну. Всі повідомлення Болбочана про просування Красної гвардії вглиб України він вважав брехнею і провокацією. Та що Винниченко! Генеральний штаб не вірив повідомленням полковника Болбочана, що “наступають організовані, міцні, регулярні частини російського совітського уряду”, хоча той сповіщав навіть номери полків і прізвища командирів.
Болбочан не міг розпочати воєнних дій проти червоних, оскільки Директорія не оголошувала війни, а військові операції проти окупантів розцінили б як спробу розбити “єдність революційного фронту” і “посварити український та російський народи”. У своїх телеграмах до Києва командир Запорізького корпусу різко вимагав, щоб Директорія оголосила нарешті війну агресорам.

Але Директорія вагалася. На початку січня Болбочан, під тиском німецького командування, змушений був залишити Харків. Лише 16 січня 1919 р. уряд УНР “мусив офіційно ствердити існуючий уже від кінця листопада фактичний стан війни Совєтської Росії проти України” 13.
Але й визнавши факт війни, Винниченко звинувачував у інтервенції не Москву, яка збройною силою захопила вже значну частину Харківщини, половину Чернігівської губернії та частину Київської, а Болбочана, який намагався не допустити “україно-російського порозуміння” 14.
Захисник Вітчизни Петро Болбочан, уособлення дисципліни і порядку, постав в очах соціалістів-демократів та есерів, як і колись Міхновський та Скоропадський, реакціонером, паном, ворогом демократичних свобод. Болбочана навіть звинувачували в тому, що він цілує ручки дамам. “Болбочан, – писав Мартос, –нагадує скоріше офіцера добровольчеської армії, ніж українського старшину. Його зовнішньому вигляду відповідав і внутрішній зміст його особи” 15.
Основним мотивом різко негативного ставлення “збунтованої демократії” до Болбочана був страх за власну долю: міністри-соціалісти бачили в Болбочанові “майбутнього Бонапарта”, нового гетьмана, який зупинить їхні дикі соціалістичні експерименти над українським народом та рішуче відсторонить їх від влади. І вістря ненависті, замішаної на страху діячів, для яких соціалізм був дорожчим, ніж Батьківщина, повернулося проти командира Запорізького корпусу, якого вони нарекли ворогом демократії. Те ж, що від “занадто великої демократичності”, яку вони проповідували, зауважував Петро Болбочан, Україна вкривається “пожаром, анархією і може зовсім згоріти”, їм було байдуже.
І справді, тодішні соціалісти-демократи відкидали ідею “Українська держава понад усе!”, в їхньому середовищі панувала думка, яку висловив помічник Михайла Грушевського Сергій Веселовський: “Нехай згине українська державність, але для історії ми, соціал-демократи, залишимось чесними і незаплямованими” 16.
Подібно думав і прем’єр-міністр Директорії Борис Мартос. Коли на одному із засідань соціалістів Дмитро Чижевський запитав, що йому дорожче – Україна чи соціалізм, то одержав відповідь: “Певно, що соціалізм” 17.
Оцей Мартос, який “мав загальну репутацію більшовика”, для якого “соціалізм (був) дорожчий, як Україна” 18, на полковника Болбочана накинувся з найтяжчими обвинуваченнями.
Та що Мартос?! Вся офіційна уенерівська преса почала жахливу кампанію дискредитації українського героя. Що тільки про нього не говорили: “зрадник”, “провокатор”, “контрреволюціонер”, “пересічний амбітник”, “злочинець”, який хотів “вкрасти 120 млн. і втекти на Дон”.
Безпрецедентні образи вихлюпувались не тільки на командира Запорізького корпусу, але й на штаб та його лицарів-козаків. Соціалістичні писаки на всі застави ганьбили, як вони говорили, “балбачанівську офіцерню”, просякнуту, бачтк, “російським духом”. І це в той час, коли в тяжких оборонних боях проти російських окупантів запорожці сотнями гинули, захищаючи Батьківщину.
Болбочан заклинав Центральну Раду і головне командування, від яких “не мав ніякої допомоги”, “припинити всі балачки”, оголосити і провадити “сувору й тверду владу”, не йти “на компроміс із більшовиками, а рішуче боротися з ними”, але Директорія не бачила іншого ворога, як Болбочана.
В час катастрофи з перевіркою діяльності командуючого Лівобережним фронтом Армії УНР приїхав начальник Генерального штабу Василь Тютюнник. Він не знайшов нічого ліпшого, як звинуватити запорожців у тому, що вони “не мають під тризубами на головних накриттях червоних стрічок та ходять у наплечниках із відзнаками ранг старшин і підстаршин як за Гетьманщини” 19.
Вислухавши Тютюнника, Болбочан різко заявив йому, щоб той сам зняв – і негайно! – зі свого кашкета “червону бинду, як емблему комунізму і поневолення вже значної частини України більшовицькими ордами” 20.
Зі штабу Головного Отамана до Запорізького корпусу надійшло близько тридцяти наказів, аби запорожці не користувались старшинськими і підстаршинськими відзнаками та почепили під тризуби червону стрічку. Болбочан наказав знищувати ці “глупі накази революційних маніяків” 21.
Такого ставлення до наказів Головний отаман Симон Петлюра потерпіти не міг. І він віддає наказ своєму улюбленцю – руїннику Української армії Омеляну Волоху “заарештувати Болбочана зі штабом і на місці розстріляти” 22.
22 січня у Кременчуці, де Запорозький корпус закріпився, щоб нарешті зупинити ворога, Волох арештовує легендарного командира. Але розстріляти його не вдалося, оскільки в оборону Болбочана активно стали запорожці.
Привчені Болбочаном до карності, запорожці мусили змиритися з наказом вищого командира – Головного Отамана Армії УНР. Але, підозрюючи Волоха у намірах знищити Болбочана в дорозі, запорожці – разом із волохівськими чекістами – супроводжували заарештованого полковника до Києва. Болбочан міг втекти з дороги, але він “сподівався на правовий розгляд свого діла”. Коли Болбочана з найближчими офіцерами – полковниками Салівановським та Гайденрайхом – привезли до Петлюри, той зблід і вигукнув: “Що ви наробили?! Чого ви їх сюди привезли?!” 23.
Болбочана помістили в 22-у кімнату київського готелю “Континенталь”. У сусідньому, двадцять першому номері, мешкав Головний Отаман.
Симон Петлюра – хоч жив через стінку – не знайшов часу зустрітися з Болбочаном і, принаймні, пояснити, за що той заарештований.

Володимир Винниченко, до якого із запитаннями про причину арешту Болбочана звернулась делегація січових стрільців, відповів, що “причиною арешту став '”недемократизм” Болбочана” 24. А Симон Петлюра сотнику 2-ї Запорозької дивізії Авраменку на запитання, в чому ж обвинувачують Болбочана, відповів: “Отаман Болбочан роз’їжджав і жив у сальон-вагоні, а то не демократично” 25. А прем’єр-міністр Директорії Борис Мартос стверджував, що Болбочана арештували як “зрадника”, хоч саме він, Мартос, якраз і був зрадником.
Чи, може, по іншому можна трактувати його постулат: “Як не буде Україна соціалістичною, то най краще не буде ніякої”? 26.